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みどりぼんの次を考える: R Advent Calendar 2014 12日目


本投稿はR Advent Calendar 2014 12日目の記事となります。

今年の4月から継続的に、@yamakatuさん主催の、
「データ解析のための統計モデリング入門(みどりぼん)」 読書会に参加し、
統計モデリングの勉強を進めてきました。

現在この本の勉強会として
「続・わかりやすいパターン認識」読書会を主催させて頂いていますが、
GLM, GLMM, MCMCについての勉強も続けねば、と考えています。

さて、この時、みどりぼんを読み終えたあと、
次に何を読みながら勉強するのが良いのかと思い、調べてみることにしました。

巷の評判では、以下の The BUGS Bookの評判が良いようです。

The BUGS Book: A Practical Introduction to Bayesian Analysis (Chapman & Hall/CRC Texts in Statistical Science)The BUGS Book: A Practical Introduction to Bayesian Analysis (Chapman & Hall/CRC Texts in Statistical Science)
(2012/11/01)
David Lunn、Chris Jackson 他

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しかし、本をめくってみたところコードは充実しているものの、
私にとっては理論の比重が重く、実用から入った私にはちょっと高度でした。
(理論ベースの方なら多分問題ない)

そこで色々探した結果、最初の記事で言及した論文の著者、
Alain F Zuurの著書が目に止まりました。


Amazonで普通に買えるのは以下の本、

Mixed Effects Models and Extensions in Ecology with R (Statistics for Biology and Health)Mixed Effects Models and Extensions in Ecology with R (Statistics for Biology and Health)
(2009/03/12)
Alain Zuur、Elena N. Ieno 他

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もうひとつはアマゾンにずっと在庫がありませんが、
Beginner's Guide to GLM and GLMM with R
こちらの本になります。

内容を読み比べたところ、
前者がGLM and GAM, zero inflated models, GEE, GLMM, GAMMなどの広い内容を、
後者はGLM, GLMMとそのMCMCへの拡張に絞っています。
個人的にはみどりぼん直後に読むなら後者のほうがフレンドリーかと思いますが、
いずれも非常にわかり易い内容ですし、前者はAmazonでもかなり高い評価になっています。

みどりぼんと比較すると
数式多め、実例に近い例題データの2点が特徴ですが、
数式につづいてコード、結果が載っているので、
作ったモデルの意味するところを考えながら読み進められると思います。
この点については理論の勉強が足りない私にはありがたく、
理論系に進むための足がかりになりそうだな、と感じています。

Webのサポートページからはコードだけでなく、
例題用の生態系関連データもダウンロードできるため、
単純にデータに対してアプローチしてみたい上級者にも嬉しい仕様だと思います。
(コードは解凍にパスが必要なので購入者しか使えませんが…

立ち読みができなかったので勢いで購入しましたが、
結果的に買ってよかったな、と思える内容でした。
(前者はSpringerのサイトから一部確認可能

とは言え7章立ての2章からJAGSをぶっこんできたり、
交互作用、オフセット項を3ページで説明してきたりするので、
個人的にはみどりぼんを読んどいて正解だったと感じています。

この方の論文、
A protocol for data exploration to avoid common statistical problems
フリーアクセスになっているので、内容を見て感じる所があれば、
購入を検討されても良いかと思います。

また、以下4冊は買ってしまったので、
中身が見たい方がいれば私が参加する勉強会の前に
お声掛けいただければ持っていきます!

Beginner's Guide to GLM and GLMM with R

Beginner's Guide to Generalized Additive Models with R

Mixed Effects Models and Extensions in Ecology with R (Statistics for Biology and Health)Mixed Effects Models and Extensions in Ecology with R (Statistics for Biology and Health)
(2009/03/12)
Alain Zuur、Elena N. Ieno 他

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Zero Inflated Models and Generalized Linear Mixed Models with RZero Inflated Models and Generalized Linear Mixed Models with R
(2012/03/15)
Alain F. Zuur、Anatoly A. Savaliev 他

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